Idéen til Business Factory opstod efter oprettelsen af Business Development Engineer-uddannelsen (BDE) og et efterfølgende besøg på Halmstad Universitet, som har en lignende iværksætterkuvøse.
I 2004 blev der yderligere gennemført et benchmarkstudie, hvor hensigten var at sammenligne danske, amerikanske og canadiske universiteters indsats på iværksætteriområdet. Resultatet var klart: Danmark haltede langt bagefter på næsten alle udvalgte parametre. Danmark tilbyder bl.a. i langt mindre grad undervisning i iværksætteri og har ikke samme kontakt til erhvervslivet som USA og Canada.
På den baggrund udbød Erhvervs- og Byggestyrelsen derfor 5 millioner kr. til at oprette og drive to idéværksteder som pilotprojekter. Business Factory blev valgt som det ene pilotprojekt og kunne i 2005 åbne dørene for første gang.
Business Factory arbejder fortsat på at hjælpe og inspirere studerende til at starte egen virksomhed samt udvikle undervisning af høj international klasse i iværksætteri. Business Factory er i dag blevet en fast del af Institut for Forretningsudvikling og Teknologi.